Program Studi Magister (S-2) Teknologi Industri Pertanian Departemen Teknologi Industri Pertanian, Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Gadjah Mada Yogyakarta, lahir setelah terbitnya surat ijin Ijin Operasional dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan melalau Dirjen Pendidikan Tinggi (DIKTI No. 3787/D/T/2004).
Persiapan dan kesiapan pendirian Prodi Magister (S-2) Teknologi Industri Pertanian terus disiapkan oleh tim pendiri Program Studi Magister Teknologi Industri Pertanian, diantanya: Dr. Ir. Didik Purwadi, M Ec., Prof. Dr. Ir. Moch. Maksum, MSc. Dr. Ir. Slamet Sudarmadji, MSc., Dsb. Program Studi Magister (S-2) Teknologi Industri Pertanian pertama kali menerima mahasiswa baru pada tahun ajaran 2005/2006. Di dalam perjalanannya Prodi Magister (S-2) Teknologi Industri Pertanian telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan, dua kali review kurikulum Kurikulum dan dua kali melakukan akreditasi BAN PT. Review kurikulum terakhir dilakukan pada tahun ajaran 2015/2016 dan rencana akan dilaksanakan pada tahun ajaran 2016/2017.